Μετά από την εξαιρετικά γόνιμη προκαταρκτική έρευνα του 2015 κατέστη άμεσα κατανοητό ότι η συνέχεια της έρευνας θα δημιουργούσε ανάγκες στις οποίες το ολιγάριθμο προσωπικό της πρώτης έρευνας δεν θα μπορούσε εύκολα να ανταπεξέλθει. Η ερευνητική ομάδα όφειλε να διευρυνθεί, να εμπλέξει μεγαλύτερο αριθμό συνεργατών και τεχνικών μέσων και να αναζητήσει νέες στρατηγικές συνεργασίες. Κατά τον ίδιο τρόπο έπρεπε να επεκταθεί και η χρονική διάρκεια της έρευνας σε ένα συνολικό διάστημα τουλάχιστον 25 ημερών.

    Υπήρξε επίσης μία σημαντική αλλαγή με την επέκταση της τράπεζας ερευνών η οποία περιλαμβάνει πλέον όλο το αρχιπέλαγος των Φούρνων με τα είκοσι περίπου νησιά, νησίδες και βραχονησίδες.

    Τέλος καταρτίστηκε ένα νέο πλάνο συνεργασίας με το Τμήμα Συντήρησης Αρχαιοτήτων και Έργων Τέχνης του Τεχνολογικού Εκπαιδευτικού Ιδρύματος Αθηνών που θα επέτρεπε την πρακτική εξάσκηση φοιτητών στις πρώτες σωστικές ενέργειες συντήρησης επί του πεδίου.Για τις ανάγκες της έρευνας και την διαχείριση των ανελκυσθέντων ευρημάτων στήθηκε στον κεντρικό προβλήτα του λιμένα των Φούρνων υπό την επίβλεψη του συντηρητή αρχαιοτήτων υπαίθριο εργαστήριο συντήρησης εναλίων ευρημάτων το οποίο στελεχώθηκε από φοιτητές του Τμήματος Συντήρησης Αρχαιοτήτων και Έργων Τέχνης του ΤΕΙ Αθηνών. Στο άρτια αυτό οργανωμένο εργαστήριο αυτό έκαναν την πρακτική τους εξάσκηση οι φοιτητές Γιώργος Αγγαβανάκης, Αγγελική Μπέη, Ελένη Μπάρδα και Ειρήνη Μίτση. Η έρευνα επικεντρώθηκε κατά κύριο λόγο στις εξής θαλάσσιες περιοχές:

α) στο θαλάσσιο δίαυλο που χωρίζει την νήσο Κισηριά από τη Θύμαινα

β) στις βόρειες και ανατολικές ακτές του Αγ. Μηνά

γ) στις βόρειες ακτές της Θύμαινας

δ) στις νήσους Μικρός και Μεγάλος Ανθρωποφάγος

    Η έρευνα του 2016 διεξήχθη στο χρονικό διάστημα 7-30/6 και οδήγησε στον εντοπισμό συνολικά 23 νέων θέσεων ναυαγίων τα οποία έρχονται να προστεθούν στα 22 ναυάγια της περιόδου 2015. Τα ναυάγια αυτά ανάγονται σε έναν χρονικό ορίζοντα που εκτείνεται από τα τέλη της αρχαϊκής περιόδου, έως και τον 18ο - 19ο αιώνα μ.Χ.

    O ερευνητικός πυρήνας της έρευνας πεδίου παρέμεινε ο ίδιος. Την γενική διεύθυνση της έρευνας είχε ο καταδυόμενος αρχαιολόγος της ΕΕΑ Γιώργος Κουτσουφλάκης ενώ επικεφαλής εκ μέρους του Ιδρύματος RPM Nautical Foundation ετέθη ο καταδυόμενος αρχαιολόγος Peter Campbell. Τεχνικός διευθυντής της έρευνας ορίστηκε ο καταδυόμενος φυσικός Μάρκος Γάρρας, υπεύθυνος κλιμακίου συντήρησης ο καταδυόμενος συντηρητής αρχαιοτήτων Α. Τσομπανίδης και υπεύθυνος πλωτών μέσων ο καταδυόμενος εργατοτεχνίτης της ΕΕΑ Λουδοβίκος Μερσενιέ. Την φωτογραφική και κινηματογραφική τεκμηρίωση των χώρων ανέλαβαν οι εξωτερικοί συνεργάτες της ΕΕΑ Βασίλης Μεντόγιαννης και Αναστάσης Αγάθος και την σχεδιαστική αποτύπωση η αρχιτέκτων μηχανικός Ελιάνα Κολυβά και τοπογράφος μηχανικός Ελένη Διαμαντή.

    Το κλιμάκιο των αρχαιολόγων της έρευνας πλαισίωσαν οι Cameron Hutchins, Derek Irwin, Christopher Begley, Mateusz Polakowski, Αχιλλέας Διονυσόπουλος, Ευγενία Λοϊζου και Κατερίνα Βελέντζα. Την έρευνα συνέδραμαν επίσης οι δύτης John Stella και Μανώλης Μύτικας.

    Η έρευνα κατέστη δυνατό να πραγματοποιηθεί χάρη στη γενναιόδωρη χορηγία του ιδρύματος Honor Frost Foundation. Σημαντική ήταν επίσης η συνδρομή του Δήμου Φούρνων δια του Δημάρχου Γιάννη Μαρούση, με την δωρεάν εκχώρηση για διαμονή δημοτικών δωματίων, με την παραχώρηση αυτοκινήτου για τις μεταφορές προσωπικού και εξοπλισμού και την παροχή εγκαταστάσεων ηλεκτροδότησης και δεξαμενών αφαλάτωσης. Τέλος την έρευνα συνέδραμε με προϊόντα διατροφής ο επιχειρηματίας Χ. Τσούνης ιδιοκτήτης των Carefour Ικαρίας και ο επιχειρηματίας Γεώργιος Κούμπας.